პატრიარქი კუჭიდან მასიური სისხლდენით, კავკასიის მედიცინის ცენტრში იმყოფებოდა. ის კრიტიკული რეანიმაციის განყოფილებაში იყო მოთავსებული.
1988 წელს ილია II-ის თაოსნობით მცხეთის სასულიერო სემინარია გადმოიტანეს თბილისში და დაარსდა თბილისის სასულიერო აკადემია-სემინარია; საქართველოს სხვადასხვა კუთხეში გაიხსნა სასულიერო სასწავლებლები: ბათუმში, ახალციხესა და ქუთაისში სასულიერო სემინარიები.
ხულოში შეიქმნა სასულიერო სასწავლებელი და მასთან არსებული გიმნაზია; საუკუნეთა შემდეგ კვლავ აღდგა გელათის სასულიერო აკადემია და ეკლესიის ეგიდის ქვეშ მყოფი გელათის მეცნიერებათა აკადემია; ოცი წლის მანძილზე საქართველოს ეკლესიის ეპარქიათა რიცხვი 15-დან 33-მდე გაიზარდა; მონასტრების- 53-მდე; სასულიერო პირთა - 1000-მდე; მოხდა კანონიზირება ახალი წმინდანებისა; აშენდა წმინდა სამების სახელობის საკათედრო ტაძარი.
1960 წელს მოსკოვის სასულიერო აკადემიაში ღვთისმეტყველების კანდიდატის ხარისხის მოსაპოვებლად დაიცვა დისერტაცია თემაზე: „ათონის ივერიის მონასტრის ისტორია“. 1978-1983 წლებში იყო ეკლესიათა მსოფლიო საბჭოს პრეზიდენტი, ხოლო 1997 წლიდან გაეროსთან არსებული ინფორმატიზაციის საერთაშორისო აკადემიის ნამდვილი წევრი და კრეტის სასულიერო აკადემიის საპატიო წევრი. ასევე, ნიუ-იორკის სასულიერო აკადემიის ღვთისმეტყველების საპატიო და აშშ-ის მართლმადიდებელი ეკლესიის წმინდა ტიხონის საღვთისმეტყველო სემინარიის ღვთისმეტყველების დოქტორი.